（一）生態(tài)旅游特殊專項(xiàng)化與經(jīng)濟(jì)效益之間的矛盾
大眾旅游不利于生態(tài)環(huán)境的保護(hù)，不利于承擔(dān)環(huán)境保護(hù)的責(zé)任，不利于公平分配利益相關(guān)者之間的利益。生態(tài)旅游是實(shí)現(xiàn)可持續(xù)旅游的一種發(fā)展模式，比大眾旅游更注重對當(dāng)?shù)刈匀缓臀幕谋Ｗo(hù)、更注重對旅游者的教育，消費(fèi)高于國內(nèi)大眾旅游的消費(fèi)水平，是高層次的旅游活動。所以從目前我國的形勢來看，生態(tài)旅游應(yīng)該是特殊專項(xiàng)化的，但特殊專項(xiàng)化能帶來保護(hù)資源所需要的大量資金嗎？我國生態(tài)旅游正處于初級發(fā)展階段，各個(gè)方面都不成熟，開展還受到諸多限制，其接待人數(shù)、經(jīng)濟(jì)收入是主要的考核指標(biāo)，恐怕真正意義上的生態(tài)旅游難以擔(dān)此重任。所以這就造成了生態(tài)旅游特殊專項(xiàng)化與經(jīng)濟(jì)效益之間的矛盾。在這方面的案例依據(jù)是國家級重點(diǎn)風(fēng)景名勝區(qū)張家界武陵源，為了經(jīng)濟(jì)利益進(jìn)行無節(jié)制、超容量的開發(fā)。

（二）生態(tài)旅游地差別迥異，認(rèn)證標(biāo)準(zhǔn)難以統(tǒng)一
在生態(tài)旅游泛化現(xiàn)象日益嚴(yán)重的推動下，不少專家學(xué)者投身于生態(tài)旅游的認(rèn)證和標(biāo)準(zhǔn)的建立，以期能在全國乃至全世界范圍內(nèi)通行，通過此認(rèn)證標(biāo)準(zhǔn)的就是生態(tài)旅游景區(qū)，打造生態(tài)旅游的示范基地，統(tǒng)一規(guī)范“混亂”的生態(tài)旅游市場。但隨著生態(tài)旅游的發(fā)展，生態(tài)旅游標(biāo)準(zhǔn)的發(fā)展呈現(xiàn)多樣化的特征，認(rèn)證項(xiàng)目數(shù)量急劇增加，但只有少數(shù)的國際性標(biāo)準(zhǔn)正在形成和推廣。還有很多認(rèn)證體系是建立在國外經(jīng)典的認(rèn)證體系基礎(chǔ)上的，但盲目采用舶來發(fā)達(dá)國家的標(biāo)準(zhǔn)，不利于我國對生態(tài)旅游的發(fā)展和引導(dǎo)規(guī)范。各個(gè)生態(tài)旅游地的資源特色不同，所認(rèn)證的重點(diǎn)和核心要素不一，很難在全國范圍內(nèi)建立統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)。